Historia Szkoły Podstawowej nr 48 im. Adama Próchnika rozpoczęła się w roku 1952, kiedy to Towarzystwo Przyjaciół Dzieci zorganizowało w baraku przy ulicy Marszałkowskiej Szkołę Podstawową TPD nr 22. Kierowała nią wówczas pani Ewa Lipiec.

Po 2 latach istnienia szkołę przeniesiono do budynku szkoły podstawowej nr 2 przy ulicy Mokotowskiej 20.

W roku 1955 oddano do użytku nowy budynek szkolny przy ulicy Nowonatolińskiej 2 (obecnie ul. Stefanii Sempołowskiej 4) i umieszczono w nim Szkołę Podstawową TPD nr 22 oraz nowoutworzoną Szkołę Podstawową TPD Nr 30, którą od roku 1962 kierowała p. Janina Sądek.

W roku 1961 władze oświatowe zmieniły nazwę obu szkół. Szkoła Podstawowa TPD nr 22 otrzymała miano Szkoły Podstawowej nr 43, a Szkoła Podstawowa TPD nr 30 została nazwana Szkołą Podstawową nr 48. W czerwcu 1962r. Szkoła Podstawowa nr 43 uroczyście obchodziła dziesięciolecie swego istnienia. Przyjęła wówczas Adama Próchnika za swego patrona i otrzymała sztandar ufundowany przez Fabrykę Samochodów Osobowych na Żeraniu. Od września 1962r. Szkołą Podstawową nr 43 kierował p. mgr Jerzy Babczyk, natomiast Szkołę Podstawową nr 48 poprowadziła p. Maria Majcherkowa.

Rok 1971 był przełomowy w życiu naszej szkoły. Nastąpiło bowiem połączenie szkół nr 43 i nr 48 w wyniku czego powstała Szkoła Podstawowa nr 48 im. Adama Próchnika. Dyrektorem nowej szkoły został p. Jerzy Babczyk. Pani Maria Majcherkowa odeszła na emeryturę.

W latach 1975 – 1983 dyrektorem szkoły był p. mgr Teofil Gruszczyk.

W roku 1981 Ministerstwo Oświaty i Wychowania powołało do życia Szkołę Sportową pod patronatem CWKS Legia i RKS Marymont. Zlokalizowano ją początkowo w Szkole Podstawowej nr 29. Po dwóch latach Kuratorium Oświaty i Wychowania przeniosło klasy sportowe ze specjalizacją w gimnastyce sportowej, pływaniu i łyżwiarstwie figurowym do szkoły podstawowej nr 48. Patronat nad klasami sportowymi powierzono p. mgr Grażynie Lipiec – wicedyrektor do spraw sportu. Od 11 lat sportowcy naszej szkoły zajmują czołowe miejsce we współzawodnictwie rozgrywek ogólnopolskich i warszawskich. W latach 1983 – 1990 dyrektorem szkoły była p. mgr Wanda Charnicka. Kolejnym dyrektorem szkoły była p. mgr Halina Jaroszewska i p. mgr Barbara Pucek.

Od 2009 roku funkcję tę pełni pani mgr Justyna Nowaczek.